公元前361年之后，秦越人到了赵国的都城——邯郸(原属陕西，今河北邯郸市)当地人民很重视妇女，所以他便做带下医(妇科医生)。因此，他的威望就更高了。
后来他又取道汤阴(今河南汤阴县)之伏道社，渡黄河经长清(今山东长清县)，于公元前357年到了齐国的都城临淄(今山东临淄县)。齐桓侯田午派人招待他，桓侯接见时，他望着桓侯的颜色，便说：“君有疾在胰理，不治将深。”桓侯答道：“寡人无疾”。他离开后，桓侯就对左右的人说：“医之好利，欲以不疾为功。”过了五天，他见到桓侯又说：“君有疾在血脉，不治恐深。“桓侯仍答道：“寡人无疾。”他辞出后，桓侯感到很不高兴。过了几天，再看见桓侯时，他又郑重地说：“君有疾在肠胃间，不治将深。”桓侯很不愉快，没有理睬。又过了几天，扁鹊复见桓侯。看见桓侯的脸色，吃惊的溜走了。桓侯便派人追问原因，他说：“疾之居腠理，汤熨之所及；在血脉，针石之所及，在肠胃，酒醪之所及；其在骨髓，虽司命无奈之何，今在骨髓，臣是以无请。”不久桓侯病发，派人去请他治疗，可是他已取道魏国，跑到秦国去了。桓侯终因病深，医治无效而死去。
秦越人等离开临淄后，于公元前354年到了魏国的都城—大梁(今河南开封市)。在大梁时，他曾见过魏国的国王魏惠王。公元前350年，他们一行到达秦国的都城咸阳。以后又回大梁。
在公元前355年前后的一段时间里，他和弟子子阳、子豹等人，都逗留在那里行医。大约于公元前317年，他们又取道周都洛阳( 河南洛阳)，听说当地的人民很敬重老人，因此，曾为“耳目痹医” (五官科、疯科医生)。后来他们又向咸阳而去。
公元前310年，扁鹊再度来到咸阳，因咸阳的人民很爱小儿，所以他就做了“小儿医”。扁鹊及其弟子不辞艰辛，行程四千余里，周游列国，济世救人；他们“随俗为变”，成为医、药、技非常全面的“全科医生”。
名扬天下

扁鹊名声传扬天下。他到邯郸时，闻知当地人尊重妇女，就做治妇女病的医生；到洛阳时，闻知周人敬爱老人，就做专治耳聋眼花四肢痹痛的医生；到了咸阳，闻知秦人喜爱孩子，就做治小孩疾病的医生；他随着各地的习俗来变化自己的医治范围。秦国的太医令李醯自知医术不如扁鹊，派人刺杀了扁鹊。天下谈论诊脉法的人，都遵从扁鹊的理论和实践。
遇害经过

秦武王与武士们举行举鼎比赛，不觉伤了腰部、疼痛难忍，吃了太医李醯(音西)的药，也不见好转，并且更加严重。有人将神医扁鹊已来到秦国的事告诉了武王，武王传令扁鹊入宫。扁鹊看了武王的神态，按了按他的脉搏，用力在他的腰间推拿了几下，又让武王自己活动几下，武王立刻感觉好了许多。接着又给武王服了一剂汤药，其病状就完全消失。武王大喜，想封扁鹊为太医令。李醯知道后，担心扁鹊日后超过他，便在武王面前极力阻挠，称扁鹊不过是“草莽游医”，武王半信半疑，但没有打消重用扁鹊的念头。
李醯决定除掉扁鹊这个心腹之患，派了两个刺客，想刺杀扁鹊，却被扁鹊的弟子发觉，暂时躲过一劫。扁鹊只得离开秦国，他们沿着骊山北面的小路走，李醯派杀手扮成猎户的样子，半路上劫杀了扁鹊。

《汉书·艺文志》载《扁鹊内经》、《扁鹊外经》，均佚。现存《难经》系后人托名扁鹊之作。

司马迁在《史记·扁鹊仓公列传》中说：“女无美恶，居宫见妒；士无贤不肖，入朝见疑。故扁鹊以其伎见殃，仓公乃匿亦自隐而当刑。缇萦通尺牍，父得以后宁。故老子曰'美好者不祥之器'，岂谓扁鹊等邪?”
日本医师滕惟寅说：“扁鹊，上古之神医也。”